Zen Cartのインストールが終わってからパスとかドメインの変更をするとなるともう一回インストールし直して上書きしてしまえばそれはそれでいいのですが、パスとかドメインの変更はconfigureファイルでいろいろできます。
　ここでは管理画面のパスの変更をします。デフォルトでは./admin/というフォルダになっていて何かと危険ということがあると思うのでここら辺りのパスの変更をします。Zen Cartも例に漏れずフルパスと仮想パス（http://)の設定でやっているのでそこらの修正をしてあげます。予想しづらいディレクトリ名なんかにすると更にいいのかもしれません。現時点で最新のzen-cart-v1.3.0.2が対象です。

編集するファイルは、以下

/admin/includes/configure.php

変更箇所は38行目辺り管理画面のパス

define('DIR_WS_ADMIN', '/contents/goods/admin/');
define('DIR_WS_CATALOG', '/contents/goods/');
define('DIR_WS_HTTPS_ADMIN', '/admin/');
define('DIR_WS_HTTPS_CATALOG', '/');

　作業が完了したら、このファイルもパーミッションを 書込み不可[644]もしくは[444]に変更してください。そうじゃないと書き換えられてしまうかもしれませんよ。
　このパスとディレクトリ名を同名にしてパスを合わせてください。これでOKです。