syslogを見るとnamed: the working directory is not writableなるエラーが出ていました。

Dec  8 22:00:13 localhost named[6331]: the working directory is not writable

こんな感じなのですが、これはbindのnamed.confで設定したdirectory（working directoryというんですね。）の所有者がroot:rootになってしまっている...ということらしいです。本来、root:bindが正しい。（もっと本来的にはユーザーは何でも構わないんですけど...ここでは便宜的に。）
 /etc/rc.d/init.d/bind9 restartみたいな感じでrc.dを利用して起動させると自動的にroot:rootに書き変えられてしまうらしいので要注意。Ubuntu 9.10の環境では大丈夫でした。一度chownしておけば大丈夫です。起動時にroot:rootに権限が書き換えられてしまう場合は、/etc/mtree/BIND.chroot.distの「/set type=dir uname=root gname=wheel mode=0755」をuname=bindへ修正すると、ディレクトリ所有者もbindになり書き込み権限が付くようです。