Ubuntu9.04から9.10にアップグレードした場合、日本語環境に若干の違いが生じてきます。root権限（sudo）では9.04の時と同様の日本語環境が準備されていないので手動で設定する必要があります。
　これまでのSCIM（scim-anthy）による日本語入力から、iBus（ibus-anthy）に変更になったみたいで、アップグレード時に自動的に以降が行われてしまいます。（9.10アップグレード　リリースノート）通常のログインユーザーの日本語入力には問題がありませんが、root権限を得た時の日本語入力ができなくなっています。これまでと同様の環境に変更するためには、いくつかの部分を変更する必要があります。

　たいていの場合は以下の方法で対処できるようです。

$ sudo su
# export XMODIFIERS=@im=SCIM
# gedit &

root ユーザでの環境変数 XMODIFIERS で IM を SCIM に指定します。効果ない場合は、一度ログアウトしてから再ログインすると有効になっている場合があります。あるいは、意味は全く同じですが、

sudo env XMODIFIERS=@im=SCIM gedit

同様に効果がない場合は再ログインか再起動してみてください。
 IMにSCIMを選択する方法には以下のような方法もあります。どのインプットメソッドを選択するのかを訊いてくるので　３のscim-bridgeを選択してください。数字の3を入力すればOKです！　

$ sudo im-switch -c
[sudo] password for <あなたのユーザー名>:
System wide default for ja_JP locale is marked with [+].
There are 4 choices for the alternative xinput-ja_JP (providing /etc/X11/xinit/xinput.d/ja_JP).

  Selection    Path                                   Priority   Status
------------------------------------------------------------
* 0            /etc/X11/xinit/xinput.d/ibus            60        auto mode
  1            /etc/X11/xinit/xinput.d/ibus            60        manual mode
  2            /etc/X11/xinit/xinput.d/scim            50        manual mode
  3            /etc/X11/xinit/xinput.d/scim-bridge     60        manual mode
  4            /etc/X11/xinit/xinput.d/scim-immodule   0         manual mode

Press enter to keep the current choice[*], or type selection number: 3
update-alternatives: using /etc/X11/xinit/xinput.d/scim to provide /etc/X11/xinit/xinput.d/ja_JP (xinput-ja_JP) in manual mode.
Please install following packages:
  "( ibus-qt4 )" .

　GUIでも同様の操作が可能です。「システム」→「システム管理」→「言語サポート」を開いて、日本語入力に必要なパッケージを再導入します。日本語を選択し、キーボード入力に使うIMシステムに「scim-bridge」を選択します。この設定で再ログイン、または再起動してみてください。効果がない場合は、言語のインストールをします。同様に言語サポートを開いてから、日本語とscim-bridgeを選択後に「言語のインストールと削除」ボタンを押します。開いたウィンドウから「日本語」を選択し列の終わりにあるチェックボックスにチェックを入れます。コンポーネントを開いてメッセージ・カタログ、インプットメソッド、追加のフォントにチェックを入れます。最後に「変更を適用」ボタンを押します。同様に再ログインか再起動後にroot権限でも日本語入力ができるようになっていると思います。

　それでも駄目な場合は以下のことを試してみてください。

1. root権限で開いたgeditなどで右クリックをして「入力メソッド」→「SCIM Bridge Input Method」か「SCIM Input Method」を選択してください。
2. デスクトップ右上にキーボードのアイコンが出ていると思いますので、クリックして「日本語-Anthy」を選択します。
3. [Ctrl]＋[space]などで日本語入力と英字入力が切り替えられるようになる筈です。