PHP Warning:  Module 'apc' already loaded in Unknown on line 0
PHP Warning:  Module 'intl' already loaded in Unknown on line 0
PHP Warning:  Module 'sqlite3' already loaded in Unknown on line 0
PHP Warning:  Xdebug MUST be loaded as a Zend extension in Unknown on line 0

というエラーが出ることがあります。これはcliのphp.iniの設定で一度読み込んだモジュール類を再度読み込んでいるという警告です。Debian式ではインストールすると自動的に組み込んでくれるみたいなので、自分でテキストエディタ開いて明示的に書く必要がないみたいです。原因はそれでした。
php.iniの以下の部分を削除するとなおります。

extension=apc.so
extension=intl.so
extension=sqlite3.so
extension=Xdebug.so