Movable Typeの画像処理の機能はデフォルトでIMageMagickに依存しています。デフォルトでの環境パスの設定は、mt-config.cgi内に

ImageDriver ImageMagick

と設定になっています。（デフォルトなので、特に記述がない場合もあります。）
ImageMagickからNetPBMに設定を変更する際は、この記述を以下のように追加します。

ImageDriver NetPBM

　NetPBMは、ImageMagickの代用としてImageMagickとほぼ同じようにMT内で使用できます。
mt-config.cgi内に記述した後は、FTPソフトなどでアップロードしてください。アップロード後に再ログインし、システムメニューから認識しているモジュールを確認してください。