http://www.google.com/support/a/bin/answer.py?hl=ja&answer=56236
に詳しく書かれてはいるのですが、ちょっと備忘録として書いておきます。
　登録のドメインと管理者アカウントでGoogle Appsコントロールパネルにログインします。コツは管理者以外で登録しているユーザーをすべて削除してからじゃないと大元のドメインで登録したアカウントを削除できないということです。
http://www.google.com/support/a/bin/answer.py?answer=33314
　ざっくりと管理者以外のユーザーを削除することができるので、まずそれをやる。

　それから、登録しているドメインの削除（つまりGoogke Appsのアカウントを削除）するのですが、解説通り、

1. コントロール パネルにログインします。
2. [ドメインの設定] をクリックします。
3. [アカウント情報] タブをクリックします。
4. [Google Apps for を削除する] をクリックします。
5. 警告メッセージをよく読み、同意する場合は Google Apps を削除するボタンをクリックします。

でOKです。
　今回はドメイン登録したはいいけど、英語表記になってしまって全然日本語にならないので、一度削除してしまいました。しかし、削除手続き後は完全に手続きが内部の機能を含めて完了するには５日ぐらいかかるそうです。試しに削除したドメインで再登録しようと思ったら「使用中のドメイン」ということで登録できませんでした。